При организации и ведении учета денежных средств необходимо руководствоваться общепринятыми правилами учета наличных и безналичных денежных средств, устанавливаемыми нормативными документами Банка России, Минфина России, регулирующими обращение денежных средств через систему органов Федерального казначейства.
К денежным средствам бюджетных учреждений относятся:

Учет наличных денежных средств в программе  ведется на активном балансовом счете 201.34 "Касса".
Все операции с денежными средствами, которые находятся в кассе учреждения, считаются кассовыми операциями. Кассовые операции в крупных учреждениях ведет кассир, а если такой должности (ставки) нет, то ведение кассы возлагается на бухгалтера или главного бухгалтера. В кассе организации могут храниться не только денежные средства, но и денежные документы.

Учреждение осуществляет кассовые операции в соответствии с установленным порядком ведения кассовых операций. Этот документ устанавливает порядок приема и выдачи наличных денег и оформления кассовых документов, порядок ведения кассовой книги и хранения денежных средств, порядок ревизии кассы и контроля за соблюдением кассовой дисциплины. За несоблюдение условий работы с денежной наличностью и порядка ведения операций по кассе на учреждение может налагаться штраф налоговыми органами.

Наличные денежные средства могут храниться в кассе только в пределах лимита, который рассчитывается учреждением самостоятельно (исходя из потребности этого учреждения) и визируется руководителем. При необходимости лимит остатка денежных средств может быть пересмотрен учреждением. Всю денежную наличность сверх установленных лимитов бюджетное учреждение должно сдавать в банк в порядке и сроки, согласованные с обслуживающим банком. Сверх установленных лимитов наличные деньги могут храниться в кассе исключительно в дни выплаты заработной платы в течение трех рабочих дней, включая день получения денег в банке.

Учреждения не имеют права накапливать в своей кассе наличные деньги сверх установленных лимитов для осуществления предстоящих расходов, в том числе на оплату труда. Также законодательно ограничиваются расчеты между организациями посредством наличных денежных средств. На данный момент этот предел составляет 100 тыс. руб. по одной сделке.

Для оформления операций с наличными денежными средствами в программе предназначены документы вида "Приходный кассовый ордер", "Расходный кассовый ордер" и "Ведомость на выдачу подотчетным лицам", которые позволяют распечатать заполненные ордера и сформировать проводки, отражающие операцию на счетах бухгалтерского учета.

Для того чтобы не оформлять операции по аналитическим счетам несколькими приходными (расходными) ордерами — каждый по одному коду поступления (выбытия), документы вида "Приходный ордер" ("Расходный ордер", "Ведомость на выдачу подотчетным лицам") имеют табличную часть, в которой можно расшифровать общую сумму поступления (выбытия), что позволяет сформировать по каждой строке спецификации отдельную проводку.

Выдача наличных денег из кассы может производиться не только по расходным кассовым ордерам, но и по надлежаще оформленным другим документам: платежным ведомостям, заявлениям на выдачу денег, счетам и др. Если в учреждении практикуется оформление кассовых операций не только кассовыми ордерами, но и другими документами, то информацию о них надо также внести в программу с помощью документов вида "Приходный ордер", "Расходный ордер" и "Ведомость на выдачу подотчетным лицам" тогда сведения о них попадут в журнал и реестр ордеров, а также в кассовую книгу.
Документы группы "Касса" — универсальные, они позволяют оформлять кассовые операции не только в рублях, но и в любой валюте.

Для формирования объявления на взнос наличными предназначен документ "Объявление на взнос наличными".
Кассовая книга может вестись автоматизированным способом.
Записи в кассовую книгу производятся кассиром сразу же после получения или выдачи денег по каждому ордеру или другому заменяющему его документу. Ежедневно в конце рабочего дня кассир подсчитывает итоги операций за день, выводит остаток денег в кассе на следующее число.
Для формирования листов кассовой книги предназначен документ "Отчет кассира", который следует вводить ежедневно – в дни работы кассы учреждения.
Перечисленные документы выделены в отдельный журнал "Касса организации". В него можно записать новые документы и в нем можно просматривать и редактировать существующие документы.
По кассовым операциям предусмотрено формирование отчетов:

Кассовую книгу установленного образца можно получить, сформировав отчет "Кассовая книга". В кассовой книге отражаются бухгалтерские записи по счету 201.34 "Касса", сформированные при проведении документов.

Листы Кассовой книги формируются сразу в двух экземплярах. Проверив правильность составления указанных документов и подписав их, кассир передает отчет кассира вместе с приходными и расходными кассовыми документами в бухгалтерию.

Если работа на компьютере ведется только в бухгалтерии, то кассовая книга ведется кассиром вручную. После прохождения документов через кассу они возвращаются в бухгалтерию вместе с отчетом кассира. В бухгалтерии, подписанные кассиром и погашенные штампом или надписью "Получено" или "Оплачено" ордера проводятся, отражая операции по приему или выдаче наличных денежных средств на счетах бухгалтерского учета.

Проверенные и принятые к учету кассовые отчеты систематизируются по датам совершения операций (в хронологическом порядке) и оформляются журналом операций №1 — накопительной ведомостью по кассовым операциям (форма №0504513). Поскольку журнал № 1 формируется программой автоматически, главный бухгалтер или уполномоченное лицо в конце месяца распечатывает его, прилагает к нему все кассовые отчеты за месяц, подшивает их в дело и хранит установленным порядком.