Вопросы, касающиеся назначения и выплаты пособия по временной нетрудоспособности с 1 января 2007 г. регулируются Федеральным законом "Об обязательном социальном страховании на случай временной нетрудоспособности и в связи с материнством" от 29 декабря 2006 г. № 255-ФЗ.
С 1 января 2011 года вступил в силу Федеральный закон от 08.12.2010 № 339-ФЗ "О внесении изменений в Федеральный закон "Об обязательном социальном страховании на случай временной нетрудоспособности и в связи с материнством"", который существенно изменил систему выплат по временной нетрудоспособности:
 
Для регистрации факта предъявления сотрудником листка нетрудоспособности, как с целью назначения пособия, так и для отражения его отсутствия предназначен документ Больничный лист

Причина нетрудоспособности выбирается в соответствии с кодом причины, указанным в листке нетрудоспособности. Пособия по нетрудоспособности по причинам с кодами 01, 02, 10, 11 оплачиваются одинаково, поэтому в программе этим кодам соответствует одна причина "(01, 02, 10, 11) Заболевание или травма (кроме травм на производстве)".
Если вводится листок с кодом 09, 12, 13, 14, 15, то помимо указания причины "(09, 12, 13, 14, 15) Уход за больным ребенком" необходимо ее конкретизировать в поле Уход за ребенком. При этом если в соответствии с законодательством предусмотрена оплата части пособия в размере 50%, то дата, с которой пособие оплачивается в пониженном размере, заполняется автоматически, и при необходимости может быть откорректирована.

Пособия с кодом 05 (Отпуск по беременности и родам), начинающиеся до 2013 года, имеется возможность рассчитать исходя из среднего заработка по правилам, действующим до 2010 года. Для пособий текущего периода эта возможность не актуальна, и оставлена для "восстановления" учета за прошлые периоды.
В случае регистрации отпуска по беременности и родам в документе имеется еще одна возможность:
Если в программе ведется штатное расписание, то с помощью одноименного флажка можно в нем освободить ставку на период отсутствия сотрудника. В этом случае в отчетах по штатному расписанию (за период отсутствия) ставка будет показываться как свободная, а также на эту ставку будет возможен прием другого сотрудника без выдачи сообщения при проверке.
В полях Освобождение от работы указывается период нетрудоспособности (весь период целиком, даже если записей в разделе "Освобождение от работы" Листка нетрудоспособности несколько). Программой определяется количество календарных дней, на которые приходится нетрудоспособность.