Для удобства заполнения различных документов в карточке подразделения можно указать характерный для всех его сотрудников или большинства график работы. Этот график будет использоваться для подстановки в них по умолчанию. Непосредственно на расчет зарплаты указанный для подразделения график не влияет. По умолчанию график подразделения заполняется значением, указанным в карточке организации.

Если в структуре организации имеются подразделения, являющиеся обособленными с точки зрения НК РФ, то в программе это отмечается специальным флажком. Флажок доступен, если в карточке организации указано, что она имеет обособленные подразделения.

После установки флажка появляется возможность для подразделения указать собственную регистрацию в налоговом органе. Эта информация используется при формировании отчетности по НДФЛ. Также появляется возможность указать размер районного коэффициента, отличающийся от размера коэффициента самой организации.
Аналогично настройкам организации для подразделения можно указать собственный способ отражения зарплаты в бухгалтерском учете, территориальные условия для отчетности в ПФР и место выплаты заработной платы сотрудникам этого подразделения.

Эти настройки имеет смысл редактировать, если они отличаются от аналогичных настроек, принятых по организации в целом.

Если в карточке организации указано, что используется труд членов экипажей морских судов (для них расчет страховых взносов производится по специальному тарифу), то в карточке подразделения можно указать, что оно соответствует такому судну. Тогда страховые взносы всех сотрудников этого подразделения будут рассчитываться по такому тарифу.

В отличие от настроек места выплаты организации, для подразделения также имеется возможность указать, что выплата зарплаты его сотрудникам производится раздатчиком, и выбрать соответствующего раздатчика.