Если в ведомости указано подразделение, то при автоматическом заполнении в нее попадают только сотрудники этого подразделения согласно кадровым данным на дату ведомости.
Если суммы сотруднику регистрировались в разных подразделениях, то каждая такая сумма будет заполнена в отдельную строку таблицы с указанием соответствующего подразделения.

Примечание! __________________________________________________________________________________
Если в настройках программы указано, что расчет и выплата зарплаты осуществляются по организации в целом, то указать подразделение возможности нет.
______________________________________________________________________________________________

Таблица заполняется именно сотрудниками, а не физическими лицами. То есть если сотрудник имеет два места работы в организации (по совместительству), то он может быть представлен отдельными строками.