Сумма налога рассчитывается автоматически в документе Начисление зарплаты. Перед расчетом налога необходимо задать права сотрудников на стандартные налоговые вычеты и другие характеристики, влияющие на исчисление налога.

Если разовое начисление выплачивается в межрасчетный период, то НДФЛ исчисляется непосредственно в документе.
В случае межрасчетных выплат НДФЛ исчисляется следующими документами:

Все выплаты, производимые физическим лицам, в терминологии ст. 223 НК РФ, подразделяются на две группы:

Порядок учета дохода для целей НДФЛ определяется по коду дохода.
Для доходов, относящихся в оплате труда — коды 2000, 2530 применяется порядок учета в соответствии с пунктом 2 статьи 223 НК РФ, дата выплаты дохода определяется как последний день месяца начисления дохода (либо последний день работы для уволенных). К таким доходам, в частности, относится заработная плата (аванс) за первую половину месяца. Таким образом, исчислять (соответственно, удерживать и перечислять в бюджет) налог с аванса не требуется.

Для доходов, не относящихся в оплате труда, применяется порядок учета в соответствии с п. 1 ст. 223 НК РФ, дата выплаты дохода определяется как день выплаты дохода. К таким доходам, в частности, относятся пособия по временной нетрудоспособности, материальная помощь и т. п. — так называемые "межрасчетные выплаты", а также отпускные (см. Постановление Президиума ВАС РФ от 07.02.2012 № 11709/11

Для повышения точности отражения в регистре налогового учета дат выплаты "межрасчетных" доходов, дат исчисления и удержания с них налога, налог с указанных доходов в программе рассчитывается и фиксируется непосредственно документами, которыми такие доходы начисляются: Отпуск, Больничный лист и т.д.
Поскольку доход, с которого исчисляется налог, регистрируется в учете НДФЛ в момент регистрации самого исчисленного налога, то дату выплаты этого дохода необходимо знать в момент его исчисления. Эта дата указывается в документах в реквизите Дата выплаты.

Дата выплаты заполняется автоматически, при необходимости редактируется вручную. Для отпускных дата выплаты дохода заполняется датой, приходящейся на рабочий день на 3 дня меньшей даты начала отпуска