Настройки относятся ко всему предприятию, т.е. ко всем организациям, по которым в программе ведется учет.

Большинство настроек аналогичны настройкам, выполняемым при использовании помощника первоначальной настройки.
Если программу планируется использовать только для ведения кадрового учета или штатного расписания предприятия, можно отключить возможность расчета зарплаты. В этом случае перестанут быть доступны разделы программы, связанные с расчетом зарплаты. Если в программе уже рассчитывалась зарплата, то соответствующие данные (документы) удалены не будут.
Если организация (организации) имеет сложную структуру (состоит из нескольких подразделений), большое количество сотрудников и за расчет зарплаты в разных подразделения отвечают разные люди, которые также будут работать в программе, то в некоторых документах помимо организации можно указывать также подразделения.
Возможность ввода документов с указанием подразделений можно отключить, если, например, организация небольшая и за расчет зарплаты отвечает один человек.
Если на предприятии применяется сложная система оплаты труда (почасовая, сдельная, оплата работы в ночное время, отдельно оплачиваются командировки и т.п.), то это следует указать в настройках. Настройка производится в отдельной форме, открываемой по команде "Настройка начислений и удержаний".

Возможность индексации зарплаты и учет индексации при расчете среднего заработка
Индексация (повышение) заработка сотрудников выполняется в целом по организации или ее структурному подразделению. Такая индексация будет учитываться при расчете среднего заработка.
Возможность начисления по договорам гражданско-правового характера
Наряду с трудовыми договорами с сотрудниками могут заключаться договоры гражданско-правового характера. Как правило, это договоры на выполнение конкретного объема работ в определенный срок. Можно указать, что на предприятии оформляются договоры на выполнение работ, оказание услуг, договоры авторского заказа и т.п.
Возможность начисления материальной помощи сотрудникам
Если включить возможность начисления материальной помощи, для регистрации такого начисления станет доступен специальный документ.
Возможность регистрация выдачи и погашения займов сотрудникам
Если на предприятии выдаются займы сотрудникам, их необходимо регистрировать не только для целей погашения займа из зарплаты, но и для регистрации материальной выгоды в случае применения пониженного процента по займу.
Возможность регистрации выплат сторонним физическим лицам
На предприятии могут выплачиваться доходы сторонним физическим лицам (например, аренда автотранспорта). При включении функции для их регистрации становится доступен специальный документ.
Возможность регистрации выплат бывшим сотрудникам
Выплаты бывшим сотрудникам, такие как выплата материальной помощи пенсионерам, так же необходимо фиксировать в программе (для формирования отчетности по НДФЛ и т.п.).При включении функции для их регистрации становится доступен специальный документ.
Возможность регистрации подарков и призов сотрудникам
Сотрудникам могут выдаваться подарки или призы, что должно быть отражено в отчетности по НДФЛ и страховым взносам. При включении функции для их регистрации становится доступен специальный документ.
Пересчет тарифных ставок
Если сотруднику задано начисление "по тарифу" с указанием месячной тарифной ставки, то в некоторых случаях потребуется рассчитать соответствующую ей часовую ставку (стоимость часа), например, при оплате сверхурочных часов, т.е. разделить месячную ставку на некоторое количество часов. Существует несколько вариантов определения этого количества, и в программе можно выбрать принятый на предприятии способ.
Использование почасовой оплаты труда
Если на предприятии учет рабочего времени ведется не только в днях, но и в часах, и некоторые начисления могут рассчитываться за определенные часы, то это следует указать. В результате станет доступна как более детальная настройка вариантов почасовой оплаты, так и появится возможность вести учет рабочего времени помимо дней еще и в часах.