При организации и ведении учета денежных средств необходимо руководствоваться общепринятыми правилами учета наличных и безналичных денежных средств, устанавливаемыми нормативными документами Банка России, Минфина России, регулирующими обращение денежных средств через систему органов Федерального казначейства.
К денежным средствам бюджетных учреждений относятся:

Учет наличных денежных средств в программе  ведется на активном балансовом счете 201.34 "Касса".
Все операции с денежными средствами, которые находятся в кассе учреждения, считаются кассовыми операциями. Кассовые операции в крупных учреждениях ведет кассир, а если такой должности (ставки) нет, то ведение кассы возлагается на бухгалтера или главного бухгалтера. В кассе организации могут храниться не только денежные средства, но и денежные документы.
Учреждение осуществляет кассовые операции в соответствии с установленным порядком ведения кассовых операций. Этот документ устанавливает порядок приема и выдачи наличных денег и оформления кассовых документов, порядок ведения кассовой книги и хранения денежных средств, порядок ревизии кассы и контроля за соблюдением кассовой дисциплины. За несоблюдение условий работы с денежной наличностью и порядка ведения операций по кассе на учреждение может налагаться штраф налоговыми органами.
Наличные денежные средства могут храниться в кассе только в пределах лимита, который рассчитывается учреждением самостоятельно (исходя из потребности этого учреждения) и визируется руководителем. При необходимости лимит остатка денежных средств может быть пересмотрен учреждением. Всю денежную наличность сверх установленных лимитов бюджетное учреждение должно сдавать в банк в порядке и сроки, согласованные с обслуживающим банком. Сверх установленных лимитов наличные деньги могут храниться в кассе исключительно в дни выплаты заработной платы в течение трех рабочих дней, включая день получения денег в банке.
Учреждения не имеют права накапливать в своей кассе наличные деньги сверх установленных лимитов для осуществления предстоящих расходов, в том числе на оплату труда. Также законодательно ограничиваются расчеты между организациями посредством наличных денежных средств. На данный момент этот предел составляет 100 тыс. руб. по одной сделке.
Для оформления операций с наличными денежными средствами в программе предназначены документы вида "Приходный кассовый ордер", "Расходный кассовый ордер" и "Ведомость на выдачу подотчетным лицам", которые позволяют распечатать заполненные ордера и сформировать проводки, отражающие операцию на счетах бухгалтерского учета.
Для того чтобы не оформлять операции по аналитическим счетам несколькими приходными (расходными) ордерами — каждый по одному коду поступления (выбытия), документы вида "Приходный ордер" ("Расходный ордер", "Ведомость на выдачу подотчетным лицам") имеют табличную часть, в которой можно расшифровать общую сумму поступления (выбытия), что позволяет сформировать по каждой строке спецификации отдельную проводку.
Выдача наличных денег из кассы может производиться не только по расходным кассовым ордерам, но и по надлежаще оформленным другим документам: платежным ведомостям, заявлениям на выдачу денег, счетам и др. Если в учреждении практикуется оформление кассовых операций не только кассовыми ордерами, но и другими документами, то информацию о них надо также внести в программу с помощью документов вида "Приходный ордер", "Расходный ордер" и "Ведомость на выдачу подотчетным лицам" тогда сведения о них попадут в журнал и реестр ордеров, а также в кассовую книгу.
Документы группы "Касса" — универсальные, они позволяют оформлять кассовые операции не только в рублях, но и в любой валюте.
Для формирования объявления на взнос наличными предназначен документ "Объявление на взнос наличными".
Кассовая книга может вестись автоматизированным способом.
Записи в кассовую книгу производятся кассиром сразу же после получения или выдачи денег по каждому ордеру или другому заменяющему его документу. Ежедневно в конце рабочего дня кассир подсчитывает итоги операций за день, выводит остаток денег в кассе на следующее число.
Для формирования листов кассовой книги предназначен документ "Отчет кассира", который следует вводить ежедневно – в дни работы кассы учреждения.
Перечисленные документы выделены в отдельный журнал "Касса организации". В него можно записать новые документы и в нем можно просматривать и редактировать существующие документы.
По кассовым операциям предусмотрено формирование отчетов:

Кассовую книгу установленного образца можно получить, сформировав отчет "Кассовая книга". В кассовой книге отражаются бухгалтерские записи по счету 201.34 "Касса", сформированные при проведении документов.
Листы Кассовой книги формируются сразу в двух экземплярах. Проверив правильность составления указанных документов и подписав их, кассир передает отчет кассира вместе с приходными и расходными кассовыми документами в бухгалтерию.
Если работа на компьютере ведется только в бухгалтерии, то кассовая книга ведется кассиром вручную. После прохождения документов через кассу они возвращаются в бухгалтерию вместе с отчетом кассира. В бухгалтерии подписанные кассиром и погашенные штампом или надписью "Получено" или "Оплачено" ордера проводятся, отражая операции по приему или выдаче наличных денежных средств на счетах бухгалтерского учета.
Проверенные и принятые к учету кассовые отчеты систематизируются по датам совершения операций (в хронологическом порядке) и оформляются журналом операций № 1 — накопительной ведомостью по кассовым операциям (форма № 0504513). Поскольку журнал № 1 формируется программой автоматически, главный бухгалтер или уполномоченное лицо в конце месяца распечатывает его, прилагает к нему все кассовые отчеты за месяц, подшивает их в дело и хранит установленным порядком.

Обеспечение клиентов наличными деньгами, а также взнос ими наличных денег осуществляется со счетов, открытых органам Федерального казначейства в подразделениях расчетной сети ЦБ РФ (с учетом положений бюджетного законодательства РФ - в кредитных организациях) на балансовом счете № 40116 "Средства для выплаты наличных денег организациям".
Для получения наличных денег учреждение представляет в орган Федерального казначейства по месту обслуживания не позднее дня, предшествующего дню получения наличных денег, Заявку на получение наличных денег (ф. 0531802) (Заявку на получение наличных денежных средств, перечисляемых на карту (ф. 0531243) (п. 11 Правил обеспечения наличными денежными средствами организаций, лицевые счета которым открыты в территориальных органах федерального казначейства, финансовых органах субъектов Российской Федерации (муниципальных образований, утвержденных приказом Федерального казначейства от 30.06.2014 № 10н).

Одновременно с Заявкой (ф. 0531802) учреждение представляет в орган Федерального казначейства денежный чек, оформленный отдельно на каждую Заявку (ф. 0531802) (п. 15 Правил обеспечения наличными денежными средствами организаций, лицевые счета которым открыты в территориальных органах федерального казначейства, финансовых органах субъектов Российской Федерации (муниципальных образований, утвержденных приказом Федерального казначейства от 30.06.2014 № 10н).
Учреждение заполняет денежный чек в соответствии с требованиями, установленными Положением N 414-П/8н.
Орган Федерального казначейства передает в банк платежные поручения на перечисление денежных средств на соответствующие счета N 40116.
Орган Федерального казначейства после подтверждения банком проведения операции по списанию средств с соответствующих счетов органа Федерального казначейства на соответствующие счета N 40116 отражает кассовые выплаты в соответствии с представленными Заявками (код формы по КФД 0531802) (Заявками (код формы по КФД 0531243) на соответствующих лицевых счетах, открытых получателю средств бюджета (неучастнику бюджетного процесса).
 
Орган Федерального казначейства после подтверждения учреждением банка проведения операции по списанию средств с соответствующих счетов органа Федерального казначейства на соответствующие счета № 40116 отражает кассовые выплаты в соответствии с представленными Заявками (ф. 0531802) (Заявками (ф. 0531844)) на соответствующих лицевых счетах, открытых не участнику бюджетного процесса (п. …. Правил обеспечения наличными денежными средствами организаций, лицевые счета которым открыты в территориальных органах федерального казначейства, финансовых органах субъектов Российской Федерации (муниципальных образований, утвержденных приказом Федерального казначейства от 30.06.2014 № 10н).

Операции по исполненным расчетным документам отражаются на лицевых счетах клиентов (отдельных лицевых счетах клиентов) по кодам КОСГУ (кодам КОСГУ и присвоенным иным субсидиям аналитическим кодам, предусмотренным Порядком санкционирования (Соглашением), указанным в Заявках на кассовый расход, Заявках на возврат, Заявках на получение наличных денег, представленных клиентами в орган Федерального казначейства (п. … Порядка проведения территориальными органами федерального казначейства кассовых операций со средствами бюджетных учреждений, утвержденного приказом Федерального казначейства от 19.07.2013 № 1н.
Денежные чековые книжки в необходимом количестве выдаются бесплатно органом Федерального казначейства не участнику бюджетного процесса на основании представленного им Заявления на получение денежных чековых книжек  (ф. 0531712) (п. …. Правил обеспечения наличными денежными средствами организаций, лицевые счета которым открыты в территориальных органах федерального казначейства, финансовых органах субъектов Российской Федерации (муниципальных образований, утвержденных приказом Федерального казначейства от 30.06.2014 № 10н) от начала пункта текст заменить (см. отдельный файл)Операции по поступлению денежных средств в кассу отражаются на основании Приходного кассового ордера (ф. 0310001), Квитанции (ф. 0504510) (п. 84 Инструкции по применению плана счетов бухгалтерского учета бюджетных учреждений, утвержденной приказом Минфина России от 16.12.2010 № 174н).
 Поступление наличных денежных средств в валюте Российской Федерации в кассу с лицевого счета учреждения, открытого в органе казначейства, отражается по дебету счета 0.201.34.510 "Поступления средств в кассу учреждения" и кредиту счета 0.210.03.660 "Уменьшение дебиторской задолженности по операциям с финансовым органом по наличным денежным средствам (п. 72 Инструкции по применению плана счетов бухгалтерского учета бюджетных учреждений, утвержденной приказом Минфина России от 16.12.2010 № 174н).
Приход наличных денежных средств в кассу организации происходит при совершении следующих операций: